建長五年（一二五三）鎌倉幕府六代将軍宗尊親王の命により藤原仲能がここに七堂伽藍を再建したが、元弘三年（一三三三）の鎌倉幕府滅亡時に焼失。その後、応永元年（一三九四）鎌倉公方足利氏満の命により上杉氏定が開基し、心昭空外を開山に招いて再建。山門脇には鎌倉十井のひとつ・底脱の井、薬師堂裏には十六の井があり水の寺とも呼ばれている。